Endonucleases que removem, de uma estrutura de DNA denominada DNA flap, as sequências de DNA 5'. A estrutura DNA flap ocorre em DNA de dupla fita, que apresenta uma fita quebrada. Nesta, a porção 5' da fita descendente é longa demais, superpondo-se à extremidade 3' da fita ascendente. As endonucleases flap clivam a fita descendente da estrutura flap superposta, precisamente após o primeiro nucleotídeo com base pareada, criando um corte ligável.